部长是织田（日向）归蝶。
十二个部门，可以说是各司其职，互不统属，但相互之间，却可以紧密无间的合作。
原本弥生是想把绯纱奈按在特殊支援部的部长位置上的，毕竟她的感知忍术、封印术和结界术等，确实出类拔萃。
但她太懒了，根本没兴趣管理，所以弥生只能退而求其次，让能力相关的优秀上忍担任。
此外，警务部队的部长，一开始也并非干柿沧龙，弥生钟意的人选是宇智波北斗。
可惜的是，由于十六夜已经担任特别突击部的部长，弥生只能把北斗安排在人才教育部，担任黑兵卫的副手。
毕竟北斗年龄也比较大了，实力开始出现下滑，正好他还有考古的工作要干，弥生就把他安排在人才教育部。
平时没事的时候，还可以和黑兵卫一起教导学生，编写基础教材。
而镰光、云取等家族的族长，虽然没有担任部长，但副部长的位置，都为他们保留着。
毕竟相比宇智波一族和油女一族，夜之国其余忍族的实力，确实要弱了不止一筹。
至于警务治安部，为什么最终决定交给干柿一族的族长干柿沧龙，一来干柿沧龙品性不错，看上去凶神恶煞，但实质比较保守、细腻，工作上不容易出错。
能力上，干柿沧龙同样不容小觑，起码能打剧情开篇时的两个旗木卡卡西。