明御史中丞：涂节，因与他们合谋不成便将祸变上报告发明左丞相要造反？就连被贬为明中书省吏：商皓，也一同告发了此事更加让明太祖大怒！他下令廷臣轮番讯问，证词之间连及明左御史大夫：陈宁、明御史中丞：涂节，还被大理寺与刑部写成供词呈递给明太祖，信中写着以明左丞相：胡惟庸，为主谋联合其党羽图谋不轨当斩。
正巧明太祖也觉得左、右丞相官职权利太大架空了皇帝位子，所以同意斩杀还把参与同伙和党羽一并诛杀，共3万多官员！称〈胡惟庸惨案〉后改全国十二个承宣布政使司与京师辖地直属于六部，布政使品秩改为从三品、参政为从四品。
又以大都督府权力太大了，在废丞相制度的同时，为防止军权的过分集中，也废除了大都督府，改为（中、左、右、前、后）五军都督府，分别管理京师及各地都司卫所。
五军都督府各设左、右一名都督（正一品官职）、都督同知（从一品）、都督佥事（正二品）以中军都督府断事官为五军断事官。
不久又置五军都督府十卫参军府，设左、右参军，之后五军都督府各设左、右断事2人，提控案牍1人，为从九品。
明太祖还分封24个儿子为亲王爵，除了26子：朱楠，早死之外！长子明懿文皇太子：朱标、二子明秦愍亲王：朱樉、三子明晋恭亲王：朱棡、四子明燕武亲王：朱棣、五子明周定亲王：朱橚、六子明楚昭亲王：朱桢、七子明齐恭亲王：朱榑、八子明潭文亲王：朱梓、九子明赵哀亲王：朱杞、十子明鲁荒亲王：朱檀、十一子明蜀献亲王：朱椿、十二子明湘献亲王：朱柏、十三子明代简亲王：朱桂、十四子明肃庄亲王：朱柍、十五子明辽简亲王：朱植、十六子明庆靖亲王：朱栴、十七子明宁献亲王：朱权、十八子明岷庄亲王：朱楩、十九子明谷宣亲王：朱橞、二十子明韩宪亲王：朱松、二十一子明沈简亲王：朱模、二十二子明安惠亲王：朱楹、二十三子明唐定亲王：朱桱、二十四子明郢靖亲王：朱栋、二十五子明伊历亲王：朱??，其余朱姓亲戚旁支都封为〈郡王爵〉但是皇侄明靖江郡王：朱守谦，除外他是郡王爵位却领着亲王俸禄和待遇。