分化瓦解政策，他利用了明建州右卫军民指挥使：爱新觉罗·舒尔哈齐，和他兄长的矛盾，大力拉拢他，对他恩礼有加，格外器重。
为此还让二子明贵州都指挥同知：李如柏，娶明建州右卫军民指挥使的二女儿：爱新觉罗·额恩哲，为妾并建立起亲家关系，从而孤立了明建州左卫军民指挥使：爱新觉罗·努尔哈赤（佟·努尔哈赤）达到建州女真八部的内乱局面。
10月15日，因明建极殿大学士：沈一贯，等一再疏请，明神宗终于同意册立明皇长子：朱常洛，为皇太子，同时还册封明皇三子：朱常洵，为福亲王、明皇五子：朱常浩，为瑞亲王、明皇六子：朱常润，为惠亲王、明皇七子：朱常瀛，为桂亲王，并颁诏布告天下。
10月28日，明皇太子：朱常洛，服黑色冕服九章加冠，明皇三子福亲王：朱常洵、明皇五子瑞亲王：朱常浩、明皇六子惠亲王：朱常润、明皇七子桂亲王：朱常瀛，诸藩王亦加冠服蓝色冕服九章。
到此历时十六年之久的「国本之争」就结束了。
此时李氏朝鲜王国的大臣们，也纷纷上奏明神宗要求册封李氏朝鲜宣祖昭敬郡王河城大君：李昖，王二子光海君：李珲，为世子邸下却被大明礼部给拒绝。
12月初8日，因辽东都指挥使司开原卫、广宁卫，两地马市，以及义州卫木市屡次遭受兀良哈朵颜卫诸部犯边，遂被朝廷罢之。
明辽东巡抚兼都察院右佥都御史：李植，上奏辽东都指挥使司、广宁卫两地马市以及义州卫木市兴废经过，并以事关辽东都指挥使司边防，请朝廷尽快商议对策，以决大计。
又以明朵颜卫指挥使：董长昂，等人纳降并请开复市，被明神宗许其奏请。
同时辽东都指挥使司关外的建州女真八部，自明建州左卫军民指挥使：爱新觉罗·努尔哈赤，起兵之后，势力就不断壮大，他还开始创立了八旗制度。
所谓的八旗制是由牛录制扩充而来的，一牛录为三百人，首领称（牛录额真）汉译「佐领」、五牛录为一甲喇，首领称〈甲喇额真〉汉译［参领］、五甲喇为一固山，首领称｛固山额真｝汉译〖都统〗。
每一固山额真有特定颜色之旗帜，当时建州八部军共有四个固山额真，分；红、黄、蓝、白，四种颜色之旗帜。
明万历三十年公元1602年2月13日，明皇太子：朱常洛，成婚
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