以事例为附注，共三百八十二条，汇编成书，定名为〔问刑条例〕。
5月19日明神宗早朝退了之后，以平台方式召见明内阁首辅：申时行，等官员们商议大事，明陕西巡按兼都察院广西道监察御史：董子行，奏疏称“巡抚、巡按，官员当亲自巡历地方，不可推诿给其余将吏，巡抚宜久任，沿边兵备道官员宜加优待，沿边同知、通判等官员宜慎选用，破格迁除。”
明神宗则回复道“董爱卿所言甚是，边疆之事重大，若巡抚、巡按，官员不亲历地方专委小官，岂不误事也！”
但明内阁首辅等官员却上奏说“就如陛下所言，边疆之事全赖巡抚、巡按，官员他们每年巡历地方，而下人不敢欺骗，自能尽心料理，若巡抚久任，却不惟人才得以展布，发挥作用，而百姓亦得相安无事。”
明神宗则说“巡抚久任者，宁可加俸加衔，也不行以亲故赞其成，非大臣谋国之忠。”
立刻就被明内阁首辅奏辩道“当初陛下阅视此地时，都察院江西道监察御史李大人、都察院河南道监察御史江大人，可并没有说起此事，若轻易更动乃辅臣召对之典，自孝庙后至是再举。”
6月17日四川都指挥使司叙州府叙南卫建武守御千户所，参加哗变的士兵将领，明建武守御副千户：范泰龙、明建武守御千户所镇抚使：李德，等十余人被杀，并传首所部兵营。
又有四川承宣布政使司龙安府平武县杨柳蕃人进犯松潘卫金瓶堡，以及成都府茂州蕃人联合起来集结成48寨，北上进犯叠溪守御千户所与叠溪长官使司、普安堡、归水岩，一带导致川西震惊。
明四川巡抚：雒遵，得知消息后急忙派遣明四川总兵：李应祥，率兵前去征讨，以防叛军扩大战局骚扰军民。
6月23日明建州左卫军民指挥使：爱新觉罗·努尔哈赤，为报复章佳氏四世祖：爱新觉罗·萨木占，袭杀妹夫明建州左卫军民指挥同知：噶哈善·哈思虎，之仇，特意率兵4百人前往马尔墩寨。
征讨其中；纳木占、萨木占，兄弟俩与族人：油申、完济汉，一起对抗建州左卫军民指挥使司军队苦战四日，最终马尔敦寨城破。
油申、完济汉，两人逃往建州右卫军民指挥使司界凡城地界。
紧接着漠南蒙古泰宁部首领：孛儿只斤·把兔儿，为报父：孛儿只斤·速把亥之仇，与从父漠南蒙古内喀尔喀部首领
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