但一切，都已经太迟了。
清军很快得知了何腾蛟孤身进入湘潭空城的消息。
负责此事的是降将徐勇，而他，曾是何腾蛟的旧部。
此时已降清的徐勇，率轻骑突入湘潭，果然见到了正襟危坐，仿佛在等待他们的何腾蛟。
面对昔日旧主，徐勇心情复杂，他率领部下“罗拜”（环绕跪拜）。
何腾蛟却厉声斥骂徐勇的变节行径，严词拒绝投降。
劝降无效，徐勇无奈，只能命人将其强行带走。
在随后的日子里，清方多次派人劝降。
面对威逼利诱，何腾蛟的回答简单而决绝。
“何惜一剑乎？”——为何吝啬一剑，不快快杀了我？
清军见他不为所动，又使出更卑劣的一招，以其在贵州黎平的家眷性命相威胁。
何腾蛟在回信中写的明明白白。
“为天下者不顾其家，为名节者不顾其身。”
而后他开始绝食，一连七天不吃东西。
他曾对寺院里的僧人说：“舀一瓢河水给我喝。这河水从衡州流来，就好比是我故主辖地的水。我喝下去洗净五脏六腑再离世，也就死而无憾了。”
在何腾蛟的坚决抵抗下，清军无计可施，最终只能将其杀害。
【《永历实录》载：何腾蛟临刑前，“举手拍地，连呼可惜！两掌皆碎”。
《野史无文》载。
“所居有神鱼井，井故无鱼也。腾蛟生，鱼忽满井，皆五色。腾蛟遇害，井鱼亦空。”
《黎平府志》载。
“何腾蛟生，一鱼从（井底）洞中游出，乡人捞回家中油煎，半边焦黄而不死。正欲翻面，鱼在锅中翻滚，井水猛涨作浪。乡民惊恐，将鱼放回井中……腾蛟卒，鱼遂隐。”
何腾蛟殉国后，井中五色鱼神秘消失。
这个传说在民间流传甚广，至今黎平县城仍保留有“神鱼井”古迹，供人瞻仰。】
永历帝听闻何腾蛟的死讯后后哀恸不已，追赠中湘王，谥“文烈”，并赐祭九坛。
康熙十四年，清廷追赠何腾蛟谥号“忠庄”，并批准将其遗骨从湘潭迁葬至贵州黎平县城附近的西佛崖，同时在神鱼井右侧建祠祭祀。
乾隆四十一年，清廷大规模追谥前明殉节忠臣。
何腾蛟，谥号“忠诚”。