职能，在朝堂制衡中有着不可替代的作用；旗手卫掌管皇家仪仗，金吾前后卫与羽林左右卫则承担着京城巡防与皇宫外围守卫的职责，这几支亲军卫是皇家威严的重要象征，若是贸然废除，难免会引起朝野非议，给改革带来不必要的阻力。朱慈烺深知，改革需循序渐进，不能一蹴而就，保留这几支亲军卫，既是对传统的适度妥协，也是为了稳定朝堂局势。
经过与卢象升、张世泽等心腹将领的反复商议，朱慈烺最终敲定了京畿地区卫所改革的总体方案：除保留锦衣卫、旗手卫、金吾前后卫、羽林左右卫这四支亲军卫外，其余所有卫所。无论是隶属于五军都督府的普通卫所，还是六个匠卫、十五个皇陵卫，全部废除。废除后的卫所土地收归朝廷，卫所士兵则根据自愿原则，或编入护国军继续服役，或解甲归田，分配土地耕种。至于京畿地区的防务，将由护国军全面接管，朝廷会根据实际需求，在关键城镇派兵驻守，确保京畿安全。
当然，朱慈烺也清楚，大明的卫所体系遍布全国，如今只是改革京畿地区的卫所，便已触动了如此多的利益集团。至于那些远离京师的卫所，尤其是沈阳等地的卫所，虽然早已名存实亡、失去了实际作用，但目前护国军兵源紧张，若是贸然废除，还需分兵驻守，反而会分散兵力。因此，朱慈烺决定暂时搁置这些地区的卫所改革，待将来收复沈阳、护国军兵力充足后，再逐步推进全国范围内的卫所改革。
更长远的规划，朱慈烺也早已在心中盘算。待将来崇祯皇帝退位，自己登基之后，只会保留锦衣卫这一支亲军卫。皇宫与紫禁城的守卫工作，将全部交由护国军的精锐部队。威武营负责。毕竟，如今的亲军卫早已腐朽不堪，士兵战斗力低下，根本无法承担起守卫皇宫的重任。只有让训练有素、忠诚可靠的护国军负责皇宫守卫，才能确保皇权的安全。
就在朱慈烺紧锣密鼓地推进卫所改革之际，户部的官员们也在马不停蹄地奔赴京畿各地，为即将开展的土地清查工作做准备。土地清查是卫所改革的重要配套措施。只有摸清京畿地区的土地状况，才能将收回的卫所土地与兼并的土地合理分配，真正实现“耕者有其田”的目标。
经过与户部尚书程国祥等人的商议，朱慈烺决定将通州作为土地清查的第一站。通州地处京畿要地，既是
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