袁世凯清军的力量成功脱离险境，而大院君则被带到中国的天津幽禁3年。1884年，朝鲜发生甲申政变，亲日开化派金玉均等夺权，袁世凯率清军平乱，闵妃重掌政权。
1894年，朝鲜发生东学党之乱，清军和日本军队介入，随后中日甲午战争爆发。战争之后，胜方日本所支持的大院君派得势。明成皇后失势后转而推行亲俄路线，试图借助沙俄的力量重建势力，因而引来了日本人的报复。
2005年5月12日的《朝鲜新报》刊载朝鲜大学校(日本的朝鲜族学校)原教授金哲央的文章，谈到明成皇后被害的经过:当时的明成皇后开始与沙俄联合，要把日本势力赶出朝鲜。虽然有传言说是大院君发动的兵变，其实是日本驻朝鲜的陆军中将、公使三浦梧楼指挥日本兵、公使馆员、在朝日本人等侵入皇宫，杀害了闵妃。
1895年10月8日清晨，日本人把大院君挟持到皇宫，挥舞着日本刀在宫中一边杀人一边找高宗夫妻，后来在玉壶楼搜出闵妃并杀害了她，侮辱其尸体之后将其烧毁。据说，残骸被丢进水池灭迹。
有两个外国人是这一事件的目击证人，一个是当时在宫中的美国军事教官，另一个是俄罗斯技师。两人向外通报了事件，在汉城的各国公使强烈抗议日本的行为。日本政府慌忙把这些凶手召回，但只是做了个形式上的审判，凶手们被判无罪。日本国民还把他们当成凯旋的将军来迎接。
根据日本作家角田房子所著《明成皇后———最后的黎明》记载:明成皇后被杀事件是史上少有的残忍、野蛮事件，暴徒们高喊着“闵妃在哪里”冲进宫中，在一群被吓呆的宫中女官中，他们选出两名美貌者残忍杀害，其中一人在太阳穴处留有出过天花的痕迹，他们认出就是闵妃。杀人者中的一人后来承认那是非常残暴的行为，杀害明成皇后之后又对她的尸体施以了用言语无法形容的暴行。
日教科书不提刺杀明成皇后事件
事件发生后，日本政府不承认自身的责任，反称是大院君和明成皇后权力斗争而导致的结果，称明成皇后是被大院君以及开化派势力所杀。
当时日本曾把受到国际上谴责的驻朝公使三浦梧楼等56名犯罪嫌疑人召回接受审判，但广岛地方法院判他们无罪。现在众多的日本人还不知道这一事件，教科书上完全没有提到刺杀明
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