着实力的不断壮大，兄弟之间却渐渐出现裂痕。
万历二十三年（1595年），舒尔哈齐向朝鲜来使申忠一说：“日后你佥使（官名）若有送礼，则不可高下于我兄弟。”这表露出舒尔哈齐对已获权位与财富并不满足，想和长兄争名利、争权位。万历二十七年（1599年），建州兵征哈达时，“出兵之时，无不欢跃”，勇敢冲杀，驱骑争锋。舒尔哈齐却在哈达城下畏缩，遭到努尔哈赤的当众怒斥，他们兄弟之间的裂痕进一步加深。
乌碣岩大战，更令努尔哈赤对舒尔哈齐不满，他下令将舒尔哈齐的两员大将常书、纳齐布论死，这明显是在杀鸡儆猴、敲山震虎。舒尔哈齐苦苦恳求说：“若杀二将，即杀我也！”努尔哈赤最终答应免二将死，但罚常书银百两，夺纳齐布所属牛录（《满洲实录》卷三）。而且，此后努尔哈赤不再派遣胞弟舒尔哈齐将兵，削夺了他的兵权。
舒尔哈齐被夺去兵权后，郁闷不乐，常出怨言，认为活着还不如死了的好。不久，他移居黑扯木（地名），远离胞兄。据《满文老档》记载：万历三十七年（1609年）三月十三日，努尔哈赤“尽夺赐弟贝勒之国人、僚友以及诸物”，又命将忠于舒尔哈齐的大臣乌尔坤吊在树上，下积柴草，以火烧死。这明显是给舒尔哈齐脸色看。
舒尔哈齐口头上表示悔改，而心中更加郁愤难平，史书上记载说：“弟贝勒仍不满其兄聪睿恭敬汗之待遇，不屑天赐之安乐生活，遂于辛亥年（万历三十九年）八月十九日卒。”（《满文老档》上，第一册）
关于舒尔哈齐之死，清朝史书记载的都非常简略。
《清太祖高皇帝实录》万历三十九年（1611年）八月记载：“上弟达尔汉（汉语意为“神圣”）巴图鲁贝勒舒尔哈齐薨（hōnɡ），年四十八。”清朝官书都仅用一个“薨”字，记述舒尔哈齐的死。舒尔哈齐的墓在东京陵（今辽宁辽阳）。明朝人和朝鲜方面记载说努尔哈赤对其胞弟舒尔哈齐“计杀之”、“腰斩之”，但不是直接史料。所以说，舒尔哈齐究竟是病死，幽禁而死，还是被努尔哈赤杀死？实际情形不得而知，成为一个历史之谜。
至于努尔哈赤与舒尔哈齐兄弟矛盾逐渐激化的原因有三说：
其一，明朝人认为，他们兄弟之争是因对明朝政策的分歧；
其二，朝鲜人认为，他
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