逮捕入狱。1938年，鲍斯当选为国大党的全国主席，但不久后就因为与甘地意见相左而辞职。1940年，因为不满殖民地总督未与国大党商议就代表印度宣布参战，鲍斯在加尔各答组织了声势浩大的抗议示威活动，并因此再度入狱。他在狱中进行了7天的绝食抗议，殖民政府无奈，将其释放出狱，但仍把他软禁在家中。
这次经历更加坚定了鲍斯寻求外国帮助、继续进行武装斗争的信念。1941年初，他在朋友的帮助下，持一张假的意大利护照，逃出加尔各答，借道阿富汗进入苏联，然后，搭乘德国驻苏联大使提供的飞机，飞往柏林。
在德国，他受到了纳粹高级官员的欢迎，甚至受到希特勒的接见。不过，他很快就发现，虽然德国人对他武装驱除英国殖民者的想法表示出极大的支持，但是，要想借助一支德国军队跨过大洋或陆地攻击印度，却是谈何容易。而且，德国人更多的是在利用他进行反对盟军的宣传，真正能够给予的切实帮助十分有限。在德国滞留了不到两年，他就决定换个方向，转而向在亚洲战场节节胜利的日本求助。
鲍斯回到亚洲的旅途极具传奇性。1943年2月，他乘坐一艘德国潜艇，绕过好望角，到达马达加斯加，并在那里换乘了另一艘日本潜艇，到达已被日军占领的马来西亚。绕了大半个地球，他再次回到亚洲，也因此成为二战中唯一一位搭乘过两个国家海军潜艇的非军事人员。
在日本人的帮助下，鲍斯在新加坡组建了“自由印度临时政府”，改组了由东南亚的印度侨民组成的印度国民军。日军将太平洋战争中俘虏的数万名英属印度籍士兵也交给了他，组成一支4万多人的军队，开进缅甸，与日军及昂山为首的缅甸民族军并肩作战，也与英军中的印度籍部队同室操戈。不过，鲍斯的部队进入缅甸后不久，英军和中国远征军就发起了反攻，日军在输掉了英帕尔战役后，兵败如山倒。鲍斯的印度国民军大部分向英军投降，小部分在他的带领下，撤退回了新加坡。
眼见着日军大势已去，鲍斯武装斗争的信念却丝毫没有减退。1945年8月，他乘坐一架日本飞机，取道曼谷、西贡、台湾，准备前往中国大连，伺机进入苏联寻求支持，因为他确信，战争过后，苏联将站在英美等国的对立面。8月18日，飞机在台北机场
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