濑幸彦、公使馆武官冈本柳之助等率领数百名日本浪人、500名日军守备队和1000名日本训练的朝鲜训练队冲进景福宫，遭遇朝鲜侍卫队的顽强反抗。但侍卫队只有200人，且没有配发到新式武器，故很快被日军击败，洪启薰战死。攻占景福宫的日本人一路闯入长安堂，挟持高宗，逼迫其在亲日派拟好的《王妃废位诏敕》上签字，废闵妃为庶人；一路则攻进闵妃的住所乾清宫，四处搜寻闵妃。日本专门派浪人行动，目的就是避免政府参与。日本浪人在搜寻闵妃的过程中杀死了不少宫女和宦官，甚至杀死了前来劝阻的宫内府大臣李耕植。
最终，一名叫中村楯雄的日本浪人在玉壶楼的集玉轩发现了躲藏的闵妃。他凶狠地扯着闵妃的头发，将她拖出来，顺手就是一刀，闵妃试图反抗，她嘴里喊着世子，另一名浪人又一刀砍下去。暴徒们将奄奄一息的闵妃放在木板上，让宫女来确认。
证实闵妃的身份后他们就轮奸闵妃，并最终将她乱刀砍死。历史上将这次事件称为“乙未事变”。
根据日本作家角田房子所著《明成皇后——最后的黎明》记载：明成皇后被杀事件是史上少有的残忍、野蛮事件，暴徒们高喊着“闵妃在哪里”冲进宫中，在一群被吓呆的宫中女官中，他们选出两名美貌者残忍杀害，其中一人在太阳穴处留有出过天花的痕迹，他们认出就是闵妃。杀人者中的一人后来承认那是非常残暴的行为，杀害明成皇后之后又对她的尸体施以了用言语无法形容的暴行。
日本人销毁罪证：焚烧尸体
为了销毁罪证，日本人杀害了闵妃以后，还将她的尸体焚烧，把骨灰丢进了池塘里。因此现在闵妃的陵墓内没有她的遗体，而是残存的一点骨灰和生前所用的衣履而已。
杀害闵妃后，日本罢免了朴定阳等亲西方大臣，又迫使大院君组阁，但大院君早已心灰意懒，于是日本人扶植金弘集第三次上台，成立亲日内阁。虽然日本人极力将乙未事变掩饰成朝鲜内部的政变，是大院君雇佣日本浪人杀害闵妃，与日本政府无关；谁料日军行动的全过程被两个西洋人目击，一个是当时在宫中的美国军事教官，另一个是俄罗斯技师。两人向外通报了事件，在汉城的各国公使强烈抗议日本的行为。
日本政府一面指使亲日政权收回将闵妃废为庶人的谕旨，追封为“嫔”
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