926年，他曾三次担任广州市市长。在孙科的治理之下，广州有了新的变化，一座古城展现了无数的青春活力。有学者一度认为，开创了中国近代城市制度的人，当属孙科莫属。
周兴樑教授也认为，孙科是中国近代城市制度的开创者。
对于这个儿子，孙中山是十分看重的，但孙科的种种作为却令孙中山大为失望。甚至还流传着这么一个故事，气得孙中山当场就想枪毙这个儿子。
孙科年少成名，自负的他逐渐变得脾气十分暴躁。
年纪轻轻就得到了太多与他年纪不相称的尊崇地位，他难免膨胀。
风华正茂的孙科，少年得志；渐入而立的孙科，却以爱耍少爷脾气著称。
对于孙科的大少爷脾气，孙中山的助手、代行大元帅职务胡汉民最有发言权。因为他多次深受其害。
作为市政厅厅长、市长，最令孙科头疼的还是财政问题。
当时，广州军政府虽然已经成立多时，但由于大大小小的军阀割据，军政府的管治范围其实远远还未能抵达基层。
这样，税收就很难征集，军政府的资金来源也就完全没有着落，所需的军费只能由大本营广州市来解决。
有一个时期，孙中山规定孙科每天要提供军费3万银元。
所以孙科这位市长，最重要的工作就是不断地筹款，每天孙科办公室的电话响个不停，说来说去都是--个字:“钱”。
而筹款的主要办法，暂时就只有变卖市属资产。久而久之，流言蜚语就冒出来了，许多人都在指责孙科敛聚、贪污。
这些言论终于传到孙中山那里去。孙中山立即询问胡汉民，你看这事到底怎样?
胡汉民回答说:“除非不做官，做官就免不了招致谤怨。如果不是哲生尽力工作,大本营的每天3万元军饷从何而来?这一点，我是绝对信任和支持哲生的。”
听胡汉民这样说，孙中山这才放了心。
胡汉民只是就事论事，绝非偏袒孙科。
但是他们两人在共事的过程中，因为孙科的少爷脾气,倒是常有矛盾,有时甚至闹到胡汉民跑到孙中山跟前要求辞职的地步。
有一次，孙中山亲往东江前线督战，急需把20万元的军饷发给滇、桂军，他们才肯出征。他命令胡汉民以大元帅府的名义发出手令，让孙科立即照办。
孙科从卫侍副官张猛手中接过手令，看了一眼，又是20万、这不是一个小数目
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