奉鲁监国的义师在闽浙两地依然相当活跃。是年七月，南明同安伯杨耿领兵一度收复平海卫。满清援军赶到后，杨耿兵被迫撤退，平海卫百姓惨遭屠杀。被屠杀的无辜百姓具体人数不详。史称平海之屠。
邵武之屠
邵武之屠指的是公元1648年（南明永历二年四月），满清“福建左路总兵”王之纲在福建邵武县进行的一次大规模屠城。
根据《郑成功档案史料选集》等记载，1648年江西金声桓、王得仁反正归明后，福建义民举兵响应。义军攻占邵武县城后，复为满清兵所败，城中起而响应的绅民惨遭屠戮。被屠杀的无辜百姓人数不详。史称邵武之屠。
同安之屠
同安之屠指的是公元1648年（南明永历二年八月十六日），满清“靖南将军”陈泰、“浙闽总督”陈锦、“福建提督”赵国祚在福建同安县进行的一次大规模屠城。
根据《郑成功档案史料选集》等记载，1648年李成栋反正后，闽南地区复归明朝旗下，但闽系将领多为排斥。是年七月满清军队进攻同安，郑成功援军因风向不利受阻。同安城破后，守城将士悉数杀身成仁，满清军队屠城，血流沟渠。大约有五万人被屠杀。史称同安之屠。
湘潭大屠杀
1649年正月二十一日清军攻入湘潭，南明督师何腾蛟被俘。清郑亲王济尔哈朗下令屠城，“屠至二十六日封刀，二十九日方止”。湘潭城中百姓几乎全被杀光，城中不满百人。”(康熙三年《湘潭县志》)
南昌大屠杀
1648年，金声桓、王得仁在江西起兵抗清，七月初十清军包围南昌。次年三月间，南昌城陷，清军屠城。
“妇女各旗分取之，同营者迭嬲无昼夜。三伏溽炎，或旬月不得一盥拭。除所杀及道死、水死、自经死，而在营者亦十余万，所食牛豕皆沸汤微?集而已。饱食湿卧，自愿在营而死者，亦十七八。而先至之兵已各私载卤获连轲而下，所掠男女一并斤卖。其初有不愿死者，望城破或胜，庶几生还;至是知见掠转卖，长与乡里辞也，莫不悲号动天，奋身决赴。浮尸蔽江，天为厉霾。”(徐世溥《江变纪略》)
华南
信丰之屠
信丰之屠指的是公元1649年（南明永历三年三月初一日），满清“梅勒章京”胶商在广东信丰县进行的一次大规模屠城。
根据《西江志》等记载，16
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