不详。吴晗认为，朱元璋曾奉韩林儿的宋政权正朔，韩林儿有“小明王”之称，他和父亲韩山童都宣称“弥勒下生、明王出世”，这个“明王”出自明教，而且明教和信奉弥勒的白莲教有所融合。
中国社会科学院历史研究所元史专家杨讷在其著作《元代白莲教研究》中对吴晗的说法进行了驳斥，他发现元代统治者将明教和景教置于一处管理，而白莲教置于管理佛教的宣政院，这证明在元统治者心目中两者判而有别。就算到了明朝，明教和白莲教被禁，但两者也还是单列，并没有混淆。吴晗认为明教和三阶教、白云宗、白莲社、禅宗、道教、大乘教、弥勒教以及其他秘密会社都混合了，而证据只有这些教派“不食荤酒，不杀物命，修忏念佛”，实际上这些特点是明教、白云宗、白莲教所固有，不能证明他们的混合。吴晗还指出明教持戒律甚严，这是实情，但反而和他自己的“混合说”矛盾，不能想象，明教在和那么多教派混合后自己仍无改变。
杨讷指出，“明王”一词并不为明教所独有，佛教中就有不动明王、大威德明王的称呼。《元史》明确记载韩山童为白莲教中人，元代的白莲教徒在信仰弥勒佛的同时，也信仰阿弥陀佛，在《大阿弥陀经》中，阿弥陀佛被称为“诸佛光明之王”。“明王出世”就是阿弥陀佛出世。
朱元璋做过和尚，经营江南时对佛教也有所关注，他不会不知道韩林儿“小明王”的出典，也不会对《大阿弥陀经》这一稀松平常的佛典没有了解，而没有任何证据能证明他和韩林儿读过明教经典。作为历史上唯一一个由僧人而掌天下的人，如果真有“诸佛光明之王”，这个“明王”舍朱元璋其谁?《大阿弥陀经》中还说，“明王”的光明将使“天下幽冥之处皆常大明”，“大明”实际上包含着朱元璋的建国理想。
不过，经过元末天下大乱的朱元璋深知民间秘密宗教的威胁，他登上帝座后，在洪武三年禁“白莲社、明尊教、白云宗”等“左道”，后来更是把这一禁令写入了《大明律》。从此，明教作为一个独立宗教不存在了。但还有其信徒在活动，民间也有人照样供奉摩尼佛的偶像，但他们在行为方式上与道教和其他民间宗教已没有多大的差别——扶乩、求签、占卜、驱鬼之类。来自波斯的摩尼终于融入了中国民间信仰的万神殿。