来由他的外甥和养子王保保率领的「汝宁军」，也就是河南地主武装；以及由答失八都鲁组建，后来其子孛罗帖木儿统帅的「川军」，也就是四川地主武装。
这两支军队，又分别和朝廷内部两大派系结盟。元顺帝和孛罗帖木儿一方亲近，还亲自下旨，把太原一带送给孛罗帖木儿充当根据地；而王保保一家则和皇太子、奇皇后等一党关系密切。早在察罕帖木几遇刺的前一年，就利用赴京贡粮的机会，与皇太子缔结了密约，准备扶持他上位。因此，他们两边一直在山西等地交锋，打了好些年，也没有明显分出胜负。但双方理论上还都是元朝官员，暂时没有完全撕破脸。
不过，至正二十三年（1363年），情况突然恶化。这一年，由皇太子亲自主持，奇皇后的心腹、宦官朴不花操刀，太子一党开始诬陷元顺帝的母舅老的沙等人，试图翦除皇帝的亲戚党羽。
元顺帝暗弱，无法保护自己的母家亲戚，结果多人被诛杀，只有老的沙和孛罗帖木儿关系密切，直接逃入大同的孛罗帖木儿军营中。元顺帝赶紧密令孛罗帖木儿保护老的沙，而皇太子一党则屡屡向孛罗帖木儿索人，但都被孛罗帖木儿拒绝。
于是双方彻底撕破脸。至正二十四年三月，皇太子一党以元顺帝的名义，下诏削除孛罗帖木儿官爵。结果，孛罗帖木儿成了「贼」，太子还专门下令，让王保保讨伐他。不过孛罗帖木儿反应迅速，没等王保保出兵，就直接率领大军，兵临大都城下。皇太子吓得连忙逃走，元顺帝则顺势和他妥协，于是孛罗帖木儿又变成了「官军」，还从元顺帝那里，得到了太子的党羽搠思监、朴不花二人。处死二人后，他就满意撤兵了。
不过，皇太子随后也回到了大都。他咽不下这口气，同年五月，就再次命王保保讨伐孛罗帖木几。王保保这次有所准备，动作迅速，大发各路兵马，诸道夹攻大同，又命部将白锁住率领三万人，直接去拱卫大都。他自己则前往太原前线，坐镇指挥。
但孛罗帖木几没有迎战，而是故伎重演，不去搭理王保保，而是带兵直接冲著大都去。虽然太子得到了白锁住所部的支援，但孛罗帖木儿也很有实力，结果还是战败。
这次，换成太子及时逃走，跑到王保保的军营中去了。孛罗帖木儿成功进入大都，还被元顺帝封为中书右丞相，一时权力滔天。
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