选司，根据覆核结果，初步拟定官员的处置建议。
称职者留任或拟升，平常者留任或平调，不称职者拟降调，贪酷者拟革职并移交法司。
第三阶段为廷议核定。
吏部将覆核后的考语册及处置建议呈送内阁，由内阁召集九卿科道官员进行廷议。
廷议中，各部院堂官可对本部门官员的考语提出异议，科道官亦可就整体考察情况发表意见。
经过廷议辩论，形成相对统一的核定意见。
此过程实为朝廷各派系力量的博弈，常伴有激烈争议。
核定后的名单及考语，由吏部整理成总册。
第四阶段为皇帝裁决。
吏部将总册呈报皇帝御览。
皇帝通常会在平台或文华殿召见内阁辅臣、吏部尚书、都察院左都御史进行最终商议。
皇帝有权对任何官员的处置做出更改。
裁决后，由皇帝用玺，下发圣旨。
圣旨明发后，京察结果即生效。
吴岳另起一段，写处置的执行。
处置分为几类：
称职者，其中尤异者可获「赐宴礼部」、「加俸一级」或优先升迁。
平常者，留任原职或平调闲曹。
不称职者，降级调用，通常调往边远或事务简少的衙门。
贪酷者，革职为民，情节严重者交刑部或都察院问罪。
不过大明历代京察，执行至今，已经很少会察出贪酷官员了，甚至有些年度连不称职的官员都没有。
所有处置均由吏部文选司具体执行，发放调令或革职文书。降调、革职官员须在限期内离京赴任或还乡。
京察还有一个特殊的地方，京察结果一旦被皇帝确认，就再也没有更改的可能，即使是觉得不公平，也需要先接受惩罚。
而京察，也是科道展现权力的时候。
这就是「拾遗」制度。
在京察结果公布后，科道官可对已通过考察的官员进行「拾遗」弹劾，指其有隐蔽之过。
被「拾遗」者，常遭革职或降调，此制为防止考察遗漏。
这也是科道的一项重要权力，所以每次京察的时候，京官见到科道官员都会颤颤。
所以大明历代的京察，往往成为争权夺利的舞台。
内阁首辅或权臣常借京察之机排挤政敌，安插亲信，故每临京察，京官往往人心惶惶，各派系活动频繁。
嘉靖朝「大礼议」后，京察中的党争色彩尤为明显，乃至出现「星火未及，而雷霆先至，考语未定，而去留已分」的局面
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