王崇古回京，皇太子郊迎，这自然是轰动京师的大事。
王崇古在城门拜见太子后，就和太子同乘车驾入宫，觐见隆庆皇帝。
在家“养病”的曹邦辅，立刻明白大势已去。
王崇古是兵部侍郎，他这次回京述职是皇帝亲自下的诏书，如此突然的回京，自然不会是皇帝要询问他九边军情。
戚继光坐镇大同，宣府已经相安无事好几年了。
皇帝让王崇古回京，显然是向他们这些请假在家的兵部官员宣布：你不干有的是人干！
王崇古的威望和资历，也足以出任兵部尚书。
曹邦辅此时的心情才平静下来，他也没想到内阁竟然如此坚决，这次兵部是枪打出头鸟了。
内阁正是用兵部来敲打其余的六部九卿衙门，宣扬内阁的权威，兵部看不清形势率先跳出来，被阁臣一套组合拳给打趴了。
曹邦辅愿赌服输，事情到了这一步自己是假辞职变成了真辞职，再赖着不走就是不识趣了。
在王崇古被皇帝召见第二天，曹邦辅再上一份辞表，这份辞表和前几份走形式的辞表不同，这一次曹邦辅上书万言，请求辞官归乡。
隆庆皇帝也是一个念旧情的皇帝，曹邦辅辞表真情流露，皇帝也给了曹邦辅礼遇，给了他致仕重臣的待遇，允许他辞官归乡。
紧接着，隆庆皇帝又命令兵部侍郎王崇古暂理兵部事务，由武选郎申时行辅佐王崇古署理庶务。
王崇古上任兵部之后，第一件事就向内阁表态，支持苏泽所奏《奏请厘清兵部职能以革除积弊疏》，愿意配合进行军事改革。
这一次曹邦辅去任，皇帝虽然对于曹邦辅给了礼遇，但是那些跟着曹邦辅请辞的官员就没那么好运了。
跟随曹邦辅请辞的两名兵部清吏司郎中，五名员外郎，全部都被批准辞职，皇帝没有给这些辞职官员加官的礼遇，甚至都不允许他们使用官驿归乡。
这些最坚定反对兵部改革的官员离任之后，王崇古再推动兵部改革自然没有任何阻力。
兵部已经熄火，科道也失声。
正月二十五日，皇帝下诏，御准苏泽所奏，设立总参谋部，兵部改革开始。
——
【《奏请厘清兵部职能以革除积弊疏》通过，皇帝下诏设立总参谋部，兵部改革启动。】
【兵部职能厘定为三权分立：
统帅权归于内廷（皇帝通过《形势报告》直接掌控军队）；
参谋决策权划归新设总参谋
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