士文回京后兼任太仆寺卿，明显是表示太仆寺虽然不是兵部直管，却是兵部侍郎管理，和直管几乎没有什么区别。兵部再有不满，那就不像话了。
而且军械司的职责，也明显不是车驾司能比的。损失一个车驾司，换来附属的太仆寺和直属的军械司，他们当然能接受。
处理了太仆寺的事情，朱由检将太仆寺、太常寺的正六品寺丞提升为正五品，但是原有官员品级不变，改任同品级的正六品主事，让两寺和吏部选拔官员，担任正五品寺丞。
这下除了原本的寺丞变成主事有些不满，其他官员都很赞同。尤其是六部主事和员外郎，想着去担任寺丞也不错，至少级别升了、寺丞这个名字也好听。
考虑到太仆寺职权提升，太常寺如果不提升的话，排在它前面底气不足。朱由检将僧录司、道录司、祠祭司、文庙、城隍庙等和宗教祭祀有关的职能几乎全部划入太常寺，让太常寺的职权大增，重新有了底气。
同时，作为对礼部的安抚，朱由检规定太常寺成为礼部迁转机构，由礼部负责督导。
并且在礼部新设礼乐司，负责祠祭司遗留下来的拟定谥号庙号等职能，并负责整理乐曲舞蹈、民间诗歌、戏剧曲艺，宣传精神文明，管理教坊司等。
新设教育司，负责全国文教，从仪制司分出贡举、学校职能。以后还打算增加规范语言文字、传播汉语汉字、制定教科书、教师资格认定、学位授予等职能。
给仪制司增加规范地方法规、民间乡约、宗族家法、整理民间习俗和革除陋习等职能。
如此一来，礼部的四个司：仪制、祠祭、精膳、主客。祠祭司分出去后新设了礼乐司，仪制司职能变化，还新设了教育司。
这种变动实在太大，让朱由检放下把礼部主客司交给鸿胪寺的打算，决定把朝贡和外交事务仍旧留在礼部。精膳司因为和光禄寺职能相似，被他合并在一起：
“光禄寺卿从三品不变，原正五品少卿改任正五品寺丞、从六品寺丞改任正六品主事。礼部精膳司改隶光禄寺，精膳司郎中迁正四品少卿。”
“鸿胪寺多了朝会议事备案和廷推计票职责，正卿由正四品提升为从三品，原从五品少卿改任正五品寺丞、从六品寺丞改任正六品主事。”
“两寺其余少卿暂不任命，等主持乡试的翰林院官员回来再说。以后两寺事务，和太常寺一样由礼部督导
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