匈奴以八万骑兵围攻李陵。
后来经过八昼夜的战斗，李陵斩杀了一万多匈奴，但由于他得不到主力部队的后援，结果弹尽粮绝，不幸被俘。
李陵兵败的消息传到长安后，武帝本希望他能战死，后听说他却投了降，十分地恼怒，不高兴。
当时满朝文武官员都是察言观色之人，几天前还纷纷称赞李陵的英勇，现在却附和汉武帝，指责李陵的罪过。
这个时候，汉武帝询问太史令司马迁的看法，司马迁一方面安慰武帝，一方面也痛恨那些见风使舵的大臣，尽力为李陵辩护。
李陵平时孝顺母亲，对朋友讲信义，对人谦虚礼让，对士兵有恩信，常常奋不顾身地急国家之所急，有国士的风范，比那些只知道保全自己和家人的大臣不知道好了多少倍。
他们如今见李陵出兵不利，就一味地落井下石，夸大其罪名，所以他出言帮助李陵。
一方面夸赞李陵，以五千步兵，在八万匈奴士兵被包围的情况下，竟然斩杀一万多敌人。
绝对是赫赫功劳。
另一方面，司马迁也表达了对“援兵不到”的不满，如果不是援兵不到，也许事情就不会产生这种变化。
他的直言触怒了汉武帝，汉武帝认为他是在为李陵辩护，贬低劳师远征、战败而归的汉武帝李夫人的哥哥李广利，于是下令将司马迁打入大牢。
司马迁被关进监狱以后，案子落到了当时名声很臭的酷吏手中，杜周严刑审讯司马迁，让司马迁尝试了各种肉体和精神上的残酷折磨。
面对酷吏，他始终不屈服，也不认罪。
不久之后，有传闻说李陵曾带匈奴兵攻打汉朝。汉武帝信以为真，便草率地处死了李陵的母亲、妻子和儿子。
司马迁也因此事被判了宫刑。
当时据汉朝的刑法，死刑有两种减免办法：一是拿五十万钱赎罪，二是受“腐刑”。
司马迁当时官小家贫，哪里有这么多钱赎罪。
腐刑既残酷地摧残人体和精神，也极大地侮辱人格。
司马迁也不愿意忍受这样的刑罚，当时甚至想到了自杀。
但人固有一死，死或重于泰山，或轻于鸿毛，他想到了孔子、屈原、左丘明和孙膑等人，想到了他们所受的屈辱以及所取得的骄人成果。司马迁选择了腐刑。