节节败退，但仍有部分顽固之徒负隅顽抗，且与土司余孽勾结得更加紧密。陈奇深知，要彻底平定匪患，必须铲除土司余孽。
此时，杨嗣昌在后方全力保障物资供应。他不断催促粮草和兵器的运输，“前线战事紧张，物资必须尽快送达！”同时，他组织当地百姓成立运输队，协助官军运输物资。“大家齐心协力，早日平定匪患，才能过上安稳日子。”
洪承畴密切关注着前线战事，及时为陈奇提供情报支持。“陈将军，据斥候来报，土司余孽的首领藏在一处山谷之中，周围防守森严。你需谨慎行事，制定周全计划。”
陈奇收到情报后，与麾下将领们商议：“土司余孽是匪患的主心骨，若能擒获其首领，匪患不攻自破。我们可兵分三路，一路正面佯攻，吸引他们的注意力；一路从侧面迂回，切断他们的退路；我亲自率领一路，从山谷背面突袭，直捣黄龙。”将领们纷纷点头称是。
作战当日，陈奇按照计划展开行动。正面佯攻的部队率先发起攻击，吸引了土司余孽的大部分兵力。侧面迂回的部队趁机悄悄绕到后方，成功切断了他们的退路。而陈奇则率领精锐部队，从山谷背面攀崖而上，出其不意地攻入土司余孽的营地。
经过一番激烈战斗，陈奇终于擒获了土司余孽的首领。匪患得知首领被擒，顿时军心大乱，纷纷投降。
陈奇向朱由检奏报：“陛下，西南匪患已基本平定，土司余孽首领也已擒获。臣请求在当地驻守一段时间，巩固平乱成果，防止匪患死灰复燃。”
朱由检回复道：“陈将军此次平乱，战功卓著。就按你说的，在当地驻守一段时间，稳定局势。孙爱卿，西南治理之策可逐步实施。”
孙传庭领命后，立刻前往西南，开始推行改革。他增设州县，选拔有能力的官员任职，加强对地方的管理。同时，兴办学校，推行汉化教育，促进民族融合。
杨嗣昌则继续留在西南，安抚百姓，恢复当地经济。他鼓励百姓开垦荒地，发展农业；扶持商业，促进贸易往来。
在众人的共同努力下，西南地区逐渐恢复平静，百姓生活步入正轨。而这次平乱，也彰显了大明的国威，让周边势力不敢轻易挑衅。朱由检深知，国家的稳定与繁荣需要不懈的努力，他将继续与诸位大臣携手，为大明的长治久安而奋斗。