Eva剧场版世界，碇真嗣坐在教室中有些恍惚，在这个教室里他并不是靠窗倒数第二个座位，似乎预示着他并非传统意义上的主角。而坐传统主角位置的是绫波丽，那个绑着绷带的洁白少女。
陌生的教室，陌生的同学，陌生的环境，陌生的城市……一切都和陌生，碇真嗣现在也没有回过神来，还没从这几天发生的巨变中恢复。几天前他被父亲叫到了第三新东京市，乘上了巨大的神秘机器人，完成了一场云遮雾罩、迷迷糊糊的战斗。
手断了，眼瞎了，疼痛如实地作用在自己的身体上，自己好像是输了，但后来又莫名其妙地赢了，一切都是如此缺乏真实感，似乎只有身上残余的lcl溶液的气味证明一切都是真实发生过的。
真是讨厌，这个味道或许要陪伴一生。
杜兰大步走入教室，不过现在他不是转校生，而是新来的历史老师。原来那位暮气沉沉，讲课一点也没有活力的老头已经提前退休了，以后由杜兰教授历史。
“大家好，我是你们的新历史老师，你们可以叫我杜兰老师或者杜老师。现在我们上课，班长告诉我，你们的课程上到哪里了？”
戴着圆框眼镜的雀斑少女起立回答：“我们上次学到了十五年前的陨石坠落。”
杜兰一想好像是这个设定，设定中第二次冲击被隐瞒了，seele对外宣布是一颗陨石掉在了南极，才会引发海洋生物灭绝，海水变红，地轴偏移，人口减半，气候异变等等情况。真相其实是十五年前有四个觉醒的使徒在南极遭遇，最后引发了第二次冲击。
当然seele不能这么说，因为如果告诉大家真相，大家就会知道使徒并不是敌人，而是人类的‘兄弟’，不管是人类和使徒的结局其实是一样的，就是发动融合。
只是seele希望人类主导，而使徒显然是希望使徒主导。所以seele要消灭所有使徒，最终主导融合，不过这显然没有经过全人类的同意。
Seele认为如果普通人知道这一切之后，肯定会拖后腿，肯定会拒绝补完。到时候人类一分裂，就打不过使徒，补完的结果不能避免，但补完的主导权却丢失了，那人类才是欲哭无泪。所以要隐瞒大众，只有少数人知道真相，明面上说是保护人类需要集中全世界的资源，暗地里却是以补全人类为
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