港口由葡萄牙殖民者管理，设有市政官、法官、镇长等政府官员职位，有完整的城市行政机构设置，并建有医院、教堂、慈善堂等公众设施。当时葡萄牙人不仅在这里经营对明贸易，而且还打开了对日转口贸易的大门，这里的绝大多数贸易都是以来自日本的银锭作为流通物来进行交换。其富庶程度，在葡萄牙人当时所拥有的远东殖民地中堪称第一。
但由走私贸易巨大利益而勾结在一起的中国海盗、葡萄牙殖民者和日本倭寇，在大明东部沿海地区所造成的危害也越发严重，外国人在当地加害大明百姓的事件时有发生。嘉靖二十七年，右副都御史朱纨出任浙江巡抚，督浙闽海防军务，委派福建都指挥佥事卢镗及副使魏一恭，率刘恩至、张四维、张汉等将领集结战船480艘，水陆两军6000余人，围剿双屿港匪巢。
连日激战后，明军俘获匪首李光头、稽天破、顾良玉等人，击毁海盗武装帆船数十艘，杀敌数百人。而葡萄牙人平托在著作中的记述更为惊人，称明军在岛上处死的基督徒多达万人，其中有八百名葡萄牙人，被毁财产总值达二百五十万葡元。
战后朱纨亲自登岛巡视，本来想驻兵戍守，但最终还是选择了用木石沉海堵塞堵塞了双屿隘口，彻底废掉了这个海盗港。此后的三个月中，朱纨指挥部队连续征讨南麂岛、磐石卫等周边区域的倭寇，平息了这一地区持续二十年的匪乱。然而朱纨的行动大大损害了当地豪绅和部分官员坐地分赃的利益，难以避免地招来了仇恨，御史陈九德、周亮等人弹劾朱纨“举措乖方，专杀启衅”，又弹劾卢镗等人“党纨擅杀，宜置于理”，稀里糊涂的嘉靖皇帝便下令追究朱纨死罪，最后朱纨含冤自杀，卢镗等人被革职入狱，定为死罪，后来因倭寇再次猖獗而被免罪重新启用。
这一战之后，葡萄牙人受到重创，只得离开浙江前往福建沿海，后来又数次被驱逐，辗转多处，最后才在澳门落脚。在此次舰队从三亚出发之前，葡萄牙人听闻海汉要进军浙江，也是主动提供了不少资料。当然他们的目的也很明确，那就是指望着海汉在浙江拿下一块根据地之后，能够投桃报李，让他们将贸易航线重新延伸到浙江。
到了万历后期至天启年间，东部海防又逐渐废弛，这一地区再次沦为了冒险者的乐园。虽然最早的双屿港已经因为
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