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顺便值得一说的是，锦衣卫还有一项非常著名的职能就是“执掌廷杖”，那些因为触怒皇帝而被处以廷杖之刑的官员，如果恰巧跟锦衣卫的关系又不太和谐，那么一顿廷杖下来肯定是非死即伤。因此朝廷上敢于跟锦衣卫做对的官员并不多见，因为谁都不知道自己什么时候就会落到锦衣卫手里吃一顿要命的廷杖。
而三厂则是分为了东西两厂和内行厂。明成祖朱棣于永乐十八年设立了东缉事厂，由亲信宦官担任掌印太监。而东厂的掌印太监也是宦官中仅次于司礼监掌印太监的二号人物，其官衔全称为“钦差总督东厂官校办事太监”。如果说锦衣卫的职能是秘密警察，那么直接听命于皇帝的东厂便可成为真正的特务机关和特权监察机构，其权力还在锦衣卫之上。最开始两个部门还是有明确的权力划分，东厂并没有审讯犯人的权力，抓到的人犯只能交给锦衣卫审理，但到了明末的时候，东厂也有了自己的监狱。
东厂最大的优势便在于与上级的沟通渠道更为通畅，锦衣卫还需要用奏章来汇报工作，而东厂的掌印太监可以直接向皇帝当面作口头汇报，这种便利的条件是锦衣卫根本无法与之相比的。朝廷的所有衙门，都有东厂的番子坐班进行监视，其无孔不入的程度尤在锦衣卫之上。历史上明朝有名的几个大太监王振、刘瑾、冯保和魏忠贤都曾经统领过东厂，让这个特务机构在数百年之后仍然是恶名昭彰，但非常讽刺的是，东厂一贯在大堂内悬挂着大幅的岳飞画像，堂前还有刻着“百世流芳”的牌坊，俨然以正义使者自居。
而西厂是明宪宗朱见深于成化十三年增设的，西厂提督便是著名的大太监汪直，职能与东厂和锦衣卫类似，其势力还一度超过了东厂。但汪直仅仅只在这个位置上坐了五年，就因为在斗争中失败下台了，而西厂也就随之解散。但到了明武宗朱厚照继位的时候，掌权的大太监刘瑾又重开西厂，交给他的心腹谷大用领导。这东西两厂虽然都受刘瑾指挥，但却互相斗得厉害，最后刘瑾为了改变这样的现状，不得不又自建了一个内行厂，由他本人亲自领导，权力更在东西厂和锦衣卫之上。这段时期四大特务机构共同存在，业务竞争相当激烈，搞得天下人心惶惶，官员们都是自顾不暇。
刘瑾倒台之后，西厂和内行厂便被朱厚照下令一并撤裁。明
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